Sa construction entreprise en 1508 ne s’acheva qu’en 1606 ; la longueur des travaux détermina les différents styles de l’église : à côté de caractères propres à la dernière période du gothique apparaissent des traces de « gothique basque ».
Extérieurement, c’est une grande masse en pierre de taille avec de puissants contreforts, dépourvue de toute ornementation, à l’exception du portail baroque du XVIIe siècle et de plusieurs gargouilles gothiques qui se découpaient sur le ciel mais aujourd’hui difficiles à distinguer suite à la réforme réalisée sur l’avant-toit il y a deux décennies.
Le plan de l’édifice est rectangulaire avec trois nefs et une abside plate. Celle-ci constitue la partie la plus ancienne et on peut observer des caractères gothiques sur les colonnes adossées aux murs.
Quant aux voûtes, soutenues par des colonnes classiques, seules sont conservées celles de l’abside et du chœur, le reste ayant été remplacé au cours de ce siècle. Le retable baroque de l’autel majeur est l’œuvre de Bernabé Cordero de Madrid, et les sculptures de Juan Bascardo, sculpteur navarrais, de la moitié du XVIIe siècle.
La dorure ne fut appliquée qu’un siècle après. Une statue gothique de la Vierge du Juncal, la plus ancienne que l’on connaisse dans la province de Guipúzcoa, préside le retable. Elle fut classée Monument Historique et Artistique National en juin 1973.