El Museo es la puerta a la ciudad romana de Oiasso. Desde aquí parte el Tren Romano que lleva a los visitantes a la necrópolis de Santa Elena y a las minas de Irugurutzeta. Bajo el suelo de la actual Irun se esconde el asentamiento romano de Oiasso. Situado en la desembocadura del río Bidasoa, en la frontera entre Hispania y Aquitania, Oiasso fue durante la antigüedad la ciudad portuaria de los vascones. Durante el Imperio romano se convirtió en un importante centro de comunicaciones y de comercio del norte de Hispania, perteneciendo a la provincia Tarraconense.
Inaugurado en 2006, reúne los restos arqueológicos de época romana más significativos que se han ido recuperando en la zona a través de las excavaciones realizadas en las últimas décadas. La investigación arqueológica ha permitido identificar el puerto y sus almacenes, las termas, la necrópolis y las explotaciones mineras del entorno.
Las colecciones se organizan en tres salas: Impacto, Puerto y Oiasso. La Sala Impacto presenta el mundo indígena vascón y los primeros contactos entre éste y los colonizadores romanos. En la sala Puerto las vitrinas acogen los materiales arqueológicos que nos hablan del comercio y la pesca, las dos actividades económicas principales asociadas al puerto. Finalmente, la sala Oiasso habla de los aspectos cotidianos de una ciudad romana de época altoimperial: la dieta, la vestimenta, la escritura, el ocio o la religión.
Las termas en el mundo romano eran baños con estancias con agua a distinta temperatura. También servían como lugar para la práctica del ejercicio físico y el ocio.
Las termas públicas de Oiasso se localizaron y excavaron en el jardín trasero del museo y están a la espera de ser musealizadas. En las excavaciones se identificaron tres estancias con hipocausto, el sistema de calefactado consistente en un suelo hueco por el que circulaba aire caliente.
La estancia de mayor tamaño, el frigidarium o sala de agua fría, conserva el pavimento de opus spicatum, con ladrillos colocados en forma de espiga. Hoy en día, puede entenderse su distribución y apariencia gracias a una reconstrucción virtual en realidad aumentada.
Las colecciones arqueológicas, en las que destacan los materiales orgánicos con objetos trabajados en cuero y madera, nos hablan de un asentamiento urbano desarrollado durante los primeros siglos de nuestra era gracias a la actividad de su puerto, situado en la ruta atlántica, y a las minas de las proximidades.
En el interior de la ermita medieval de Santa Elena se localizó la necrópolis o cementerio de Oiasso.